امام فرمود يك پرچم سفيد در كنار نهروان بزنند و توبه كنندگان زير آنان اجتماع كنند تقريباً دو ثلث خوارج توبه نمودند چهار هزار در عقيده خود ايستادگى نمودند على (عليه السلام) ناچار با آنها جنگيد و قبل از شروع يك كلمه اعجازى فرمود كه از خوارج كمتر از ده نفر زنده خواهد ماند و از شما كمتر از ده نفر شهيد خواهد شد و طولى نكشيد جنگ پايان يافت صدق پيشگوئى امام ظاهر شد نه نفر از خوارج زنده ماند بود و نه نفر از مسلمين شهيد شده بود و پس از پايان جنگ امام به كوفه برگشت ولكن آنانكه در نهروان توبه كرده بودند مجدداً آغاز مخالفت كردند حضرتش به آنها پيغام فرستاد و دعوت به صلح و آرامش نمود چون از هدايت آنها مأيوس شد دستور داد آن عده را طعمه شمشير و تار و مار كردند در نتيجه عده‏اى مقتول و عده‏اى متوارى شدند از جمله فراريان عبدالرحمن بن ملجم از قبيله مراد بود كه او هم بمكه گريخت.
بى شك اسلام تا حال هر چه صدمه ديده از ناحيه همين اشخاص نادان جاهل زاهد صفت و عوام ظاهر پرست ديده و ضايعات جبران‏ناپذير دين مقدس اسلام و افتراق وحدة اسف‏انگيز مسلمين زائيده همين عده شده است كه هميشه حقائق و تعاليم شامخه قرآن را زير پا گذاشته يكمشت مزور كور كورانه تقليد و به يك سلسله مطالب صورى فريبنده كه اسلام آنها را در وادى خرافات متروك گذاشته و يا در قالب مباحات معرفى نموده چنان اهميت داده‏اند كه مثل اصول مسلمه عقايد خود را باو استوار نموده‏اند در نتيجه يك فرقه بخصوص از قالب در آمده‏اند حالا اين فرقه اسماعيليه فتحيه زيديه حنفيه صوفيه با شعبه گسترده‏اش كه دارد شيخيه و امثال اينها همه و همه در اثر نادانى و افراط و تفريط از جاده حقيقت منحرف شده‏اند.
اعجب از همه و همه فرقه‏ها كه دست استوار و اراده سياست آنها را خلق نموده است مثل فرقه بهائيگرى و بابيت و فرقه آقاخان محلاتى و احمد قاديانى كه همه مثل احزاب سياسى وابسته به يك مركز سياسى مى‏باشند و اصلاً هم متوجه نيستند كه ما الاغ يكنفر هستيم كه سوار ما شده و هر گونه استفاده مادى و معنوى را او مى‏برد.
از خداى رئوف خواستاريم كه هرچه زودتر منتقم حقيقى را برانگيزد به همه اين خرافات و جهل و نادانى خاتمه دهد.
اين المنتظر لاقامه الامت و العوج اين المرتجى لا زاله الجور و العدوان اين المدخر لتجديد الفرائض و السنن اين المتخير الاعاده المله و الشريعه اين المؤمل لاحياء الكتاب و حدوده اين محى معالم الدين و اهله اين قاصم شوكه المعتدين اين هادم ابنيه الشرك و النفاق- تا آنجا كه مى‏گويد- اين الطالب بنحول الانبياء و ابناء الانبياء اين الطالب بدم المقتول بكربلاء.